第四节繁荣时期(17世纪中叶一20世纪中叶)
大约在17世纪初，帕姆竹王朝被嘎玛•敦回旺布所推翻，曲引多吉另建政权，称为嘎玛王朝。这个王朝的统治者信奉白教，对黄教进行压制，因此，教派的矛盾极为激烈尖锐’。终于，五世达赖阿旺•洛桑嘉措和四世班禅洛桑曲吉坚赞联合迎请蒙古部信奉黄教的固始汗出兵相助，消灭了嘎玛王朝。嘎玛王朝前后只存在23年，所以其医学方面也很难出现什么突出的成就。但值得一提的是这个时期在日喀则地区创办了一个讲授医学的机构，不久，这种机构正式在日喀则改造成学校。
嘎玛王朝灭亡后，阿旺•洛桑嘉措起而代之，建都拉萨，是为甘丹颇章王朝。洛桑嘉措在1653年接受了清王朝的封号，称为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦喇怛喇达赖喇嘛。”
五世达赖阿旺•洛桑嘉措是一个较有作为的统治人物，在政治上他励精图治，取得政局的稳定。在文化上他鼓励发展各门科学，尤其是医学。他本人对医学就很感兴趣，曾经请当时的贤者查仓巴传授医疗经验，听取关于《四部医典》的讲述，包括《甘露瓶》、《千万舍利》，在医学上很有一些作为。
五世达赖在位时，又设立了“第巴”的职位。在藏语中，意为执事官，相当于现时的“总
理”职务，总揽全藏的一切大权。在五世达赖喇嘛的第巴•桑吉嘉措当政时期，对医学给予了特殊的关注，在包括医学在内的自然科学方面，作出了突出的成绩，为繁荣藏医学事业做出很大的贡献。
一、对《四部医典》的权威诠释
已如前述，《四部医典》在8世纪末著成以后，就被赤松德赞秘藏起来，直到11世纪中，才被查巴万西从桑耶寺中取出，以后陆续转递，经宇妥萨玛最后进行修改补充，才算定型。其后的几百年时间里，历经各代医家的研究、修订、注释、增补，出现了不同的版本。其中最著名的当推舒卡•洛最给布的扎塘版，影响最大，其他还有达丹版、乌东巴版、干木保版、宗嘎版等等的不同版本。此外，发挥和阐释《四部医典》的著作就更多了，形成不同的注家，还有不同学派的诠释，有些问题意见相左，争论不休，使读者无所适从。
有鉴于此，桑吉嘉措对《四部医典》及不同的注家著作进行了研究，他根据自己的经验体会，加上他总揽政权的有利条件，得以阅读到不少一般民间看不到的手抄本。他发现，扎塘版的内容有不少错误和缺漏之处，还有一些难懂晦涩的内容。尽管《四部医典》内容丰富、理论完整，但因为它是以偈颂文体写成，也就是韵体文的体裁，故比较难懂。、因此，桑吉嘉措重新作了修订和注释，集诸家之长，去粗取精，去伪存真，用通俗的叙述文体写成了《四部医典蓝琉璃》，全名《医学广论药师佛意庄严四续光明蓝琉璃》，简称《蓝琉璃》，其篇幅较《四部医典》原注多出一倍以上。
由于《蓝琉璃》内容通俗易懂，而且内容丰富，为后世医家所推崇，认为是一部权威的《四部医典》原著的诠释。甚至有人认为：如果说《四部医典》是一把金锁的话，那么《蓝琉璃》就堪称为打开这把金锁的金钥匙。被后世奉为学习《四部医典》的必读著作、标准注释本，至今仍然是学习这部经典医著的入门。它对于普及藏医学、发展藏医学具有重大的作用。
二、绘制系列挂图“曼汤”
藏族人民善于绘制挂图，这是有悠久历史的。这种在藏语中叫“汤卡”的挂图，最初也许与宗教的传播有关，主要用来绘制佛像，供人礼拜。后来，医学界也利用这种形式来绘制医学汤卡，也就是“曼汤”。从前面的叙述可知，早期的藏医学家如吐蕃时期的占巴希拉哈，后来的南、北两大学派的名医，还有萨迦王朝时的昌狄•班旦措吉，都善于绘制藏医图。但早期的这类挂图多数是有关人体的构造，即解剖图，以及药物图等，内容比较局限。
为了发扬藏医的优良传统，使藏医经典著作《四部医典》更通俗易懂，使更多的人掌握藏医经典，在桑吉嘉措的主持下，开始了编绘整套的系列挂图的工作。他主要以北方学派著名医家伦汀•堆孜居美的曼汤为基础，根据自己所著的《蓝琉璃》的内容，聘请洛扎•诺布嘉措和黑巴格涅两人负责。前者起草图形，绘成草图，后者则进行着色。到1688年，共绘出一套60幅的“曼汤”。但桑吉嘉措觉得还不满足。因此，他又进一步丰富内容，根据《月王药诊》等书中有关尿诊、火灸以及各地所收集的药物标本等内容进行补绘，一直到1704年，终于完成79幅全套曼汤。
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